目前，国家级科技创新平台1个，省部级（自治区、兵团级）平台21个。

1.省部共建绵羊遗传改良与健康养殖国家重点实验室（国家级）

2.作物种质资源评价与利用兵团国际科技合作基地

3.农业农村部羊遗传育种与繁殖科学试验站

4.肉羊胚胎移植引智基地

5.农业部作物高效用水石河子科学观测实验站

6.果品干制加工技术集成科研基地（西北）

7.国家红枣加工技术研发专业中心

8.农业农村部特色农产品加工与质量安全控制重点实验室（部省共建）

9.新疆棉花全程机械化科研基地

10.农业农村部西北农业装备重点实验室（共建）

11.农业农村部西北内陆区棉花生物学与遗传育种重点实验室

12.农业农村部西北绿洲节水农业重点实验室

13.棉花育种与栽培国家地方联合工程实验室（新疆兵团）

14.国家动物疫病数据中心石河子观测站站

15.新疆兵团棉花全程机械化工程实验室

16.兵团生物种质资源库

17.棉花遗传改良与高产栽培兵团重点实验室

18.库尔勒香梨种质创新与提质增效兵团重点实验室

19.作物种质创新与基因资源利用兵团重点实验室

20.新疆兵团谷物品质与遗传改良重点实验室

21.新疆兵团绵羊生物技术国家地方联合工程实验室

22.水肥资源高效利用兵团重点实验室