新疆农垦科学院农产品加工研究所，其前身是新疆特产开发研究中心，成立于1983年8月。2000年5月更名为特产食品开发研究所，2009年4月更改为现名。

新疆农垦科学院农产品加工研究所是一家以承担国家部委、新疆生产建设兵团、师市农产品加工科技项目，专业从事新疆特色农产品加工'技术研究、产品开发、中试转化和技术服务'为一体的科研单位。设有'果蔬加工'、'果蔬保鲜'、'油料加工'和'畜产加工'四个创新团队。拥有农业农村部'果品干制加工技术集成科研基地（西北）'、农业农村部'国家红枣加工技术研发专业中心'、新疆农垦科学院农产品加工重点实验室等科研中试平台。现有在职专业技术人员15人，其中研究员4人、副研究员5人，助理研究员（工程师）6人；具有硕士学位以上人员14人（含博士2人），占总人数的93.3%。现有国家桃产业技术体系“枣质量安全与加工保鲜”岗位科学家1名、自治区天山英才1人、兵团英才1人、兵团英才骨干人才项目入选者1人、兵团英才青年项目入选者3人、兵团中青年科技创新领军人才2人、第六届兵团青年科技奖获得者1人、第十届“兵团青年五四奖章”获得者1人、新疆农垦科学院高层次人才培养计划领军人才入选者1人、青年拔尖人才入选者1人、青年骨干人才入选者3人。

2009年以来，共承担各类科研项目70余项，其中国家级项目11项、省部级项目30余项，获批专项经费4000余万元；获得省级科技奖励7项，其中兵团科技进步二等奖3项、三等奖4项；获授权国家专利60项，其中发明专利10余项；登记软件著作权30余项；发表论文150余篇，其中SCI检索10余篇、EI 检索10余篇。曾依托所办企业石河子市天晟食品有限责任公司开发出玉米方便粥、玉米糁、葡萄干、禽蛋制品等系列产品，具有良好的市场口碑。

在对外学术交流和科技合作方面，先后主办、承办、参加全国农产品加工科技援疆研讨会、兵团农产品产地初加工技术对接等各类学术交流活动；与中国农业大学、江南大学、石河子大学、塔里木大学、中国农业科学院农产品加工研究所等高校和科研院所建立了紧密的科研项目合作关系；与冠农股份、西部牧业等农产品加工龙头企业建立了技术应用合作关系。

新疆农垦科学院农产品加工研究所坚持面向农产品加工科技前沿、瞄准兵团农产品加工业的重大科技需求，推广先进适用的科技成果，助力兵团巩固脱贫攻坚成果，为实现兵团乡村振兴战略目标提供有力的科技支撑。