农田水利与土壤肥料研究所是新疆兵团唯一从事节水灌溉、土壤改良、肥料研发使用和农化分析的专业研究所，1983年从新疆农垦科学院农林所土壤肥料研究室分离组建而成。现有科技人员25人，其中研究员7人，副研究员11人，助理研究员7人；享受政府津贴2人，省部级有突出贡献优秀专家1人，兵团学术带头人2人。重点学科有节水灌溉、土壤改良、科学施肥，是“国家节水灌溉工程技术研究中心（新疆）”技术依托单位，“国家节水灌溉（北京）工程技术研究中心”试验基地，“农业部作物高效用水”石河子科学观察试验站站点。承担国家“863”节水项目及一批国家、自治区和兵团重大科技攻关项目，取得成果60多项，部分成果达国际先进或国内领先水平，获国家科技进步奖二等奖1个，三等奖2个，省部级一等奖3个，二等奖14项。在国内外学术刊物上发表论文160多篇，撰写出版《精准灌溉》、《精准施肥》、《新疆垦区盐碱地改良》、《棉花科学施肥与棉田培肥》、《水肥一体化实用问答及技术模式、案例分析》、《盐碱地改良技术实用问答及案例分析》等专著。绝大部分成果在农业生产上广泛应用，取得很好的经济、社会和生态效益。

二十世纪六七十年代，科技工作者在艰苦环境条件下进行水土开发、改良试验研究；八九十年代，迎着改革开放的科学春天，开展科技攻关取得丰硕成果；进入新世纪，禀成“增强科技实力、服务兵团经济、致富职工群众”的宗旨，在科技研发、推广应该用和科技服务方面硕果累累。“滴灌技术试验研究”具开创性，1983年获兵团科技进步二等奖。“液氨施肥”被称之施肥技术的重大突破，获兵团科技进步一等奖。生物改良土壤进行有益探索。“九五”期间节水灌溉技术有新突破，“实用节水型农业工程增产技术”获农业部丰收奖二等奖。进入新世纪，取得一批重大成果：“干旱区棉花膜下滴灌综合配套技术研究与示范”获国家科技进步二等奖；863攻关项目“干旱区规模化灌溉农业类型农业高效用水模式及产业化示范”、“干旱区万亩滴灌高效节水型农业综合开发高新科技示范”项目成果水平均达国际先进，同时获兵团科技进步二等奖；参与国家重大课题“新疆棉花大面积高产综合配套技术研究开发与示范”获自治区科技进步集体一等奖；还有“棉花高产优质需水需肥规律及高效施肥节水灌溉综合配套技术研究”等一批重要成果。目前承担国家863项目“新疆干旱区现代农业节水农业技术研究与集成”、国家科技支撑计划“高效灌溉施肥技术研究与示范”等多项研究进展顺利。

水土所的发展历程，根基于兵团这块厚实“土壤”和广阔空间环境；科技进步也支撑、引领着经济社会的发展。农田灌溉从大水漫灌到沟畦灌、喷滴灌和自动化、精准化灌溉；肥料使用从盲目施肥到科学施肥、计算机辅助推荐施肥；盐碱荒漠开发出成片良田。科技人员以“勤恳敬业、求真务实、团结协作、顽强拼搏”的风范，书写着“热爱祖国、无私奉献、艰苦创业、开拓进取”的兵团精神篇章。