2010年7月7日，经兵团发展改革委员会批复，以新疆农垦科学院为技术依托单位的兵团生物种质资源库建设项目获立项批复建设。2011年11月完成主体库建设，2012年完成制冷除湿设备的安装调试。2013年试运行，并于5月10日项目顺利通过兵团发展改革委员会专家组验收。2014年纳入国家农作物种质资源库——兵团生物种质分库。新疆农垦科学院生物技术研究所为兵团生物种质资源库的主体技术依托单位。
兵团生物种质资源库框架结构，局部二层。其中低温低湿库建筑面积303.8m2，包括保存植物种子的长期库（-18℃，RH<45％）1间、中期库（-1℃，RH<50％）2间和可调库（4℃，RH<50％）2间；种子生物学实验室面积600m2。包括接收室、熏蒸室、发芽室、中控室、办公室、标本陈列室、品质分析室和人工气候室。现有冷冻切片机、叶绿素荧光仪、种子低温储藏柜等仪器设备28台/套。
兵团生物种质库是集新疆特色生物种质资源收集、保存、研究和创新，人才培养和国际合作交流的开放共享平台，为生物产业的发展和生命科学研究提供特色材料、信息和人才，创制出“育种中好用，育种家想用”的新种质，促进兵团种业可持续发展。
近年来，收集、整理编目和入库保存以及资源圃种质资源包括15科，45属，11000余份，其中新疆主要经济作物棉花的种质资源占45.5%。开展专题服务和联合抗病育种，举办观摩会5次，向育种、科研、教学、生产等有关单位展示棉花种质资源200余份，提供用户600份次。鉴定筛选出抗黄萎病棉花种质资源12份，已用于协议单位的棉花黄萎病育种项目。接待交流访问100多人次，组织科普参观300多人次；支撑或服务于各类科技计划项目（课题）10余个，省部级科技进步奖2项，新品种10多个，在推动种植业结构优化及助力脱贫方面取得了显著成效。