综合办公室
中心的综合管理办事部门，主要职责：负责所有中心层面事务性工作及领导安排的其它工作。
行政公文接转、文件起草、印发、整理及档案管理；
公共事务：会务、接待、宣传；安全生产；
财务管理、固定资产管理、人力资源；
后勤保障：物资采购、设备设施维修、软件维护、网络安全维护；
培训：内外部培训及技术服务、职业技能水平评价。
业务办公室
负责所有检验检测活动有关的业务、质量管理相关工作、服务客户及领导安排的其它工作。
检验检测业务：业务接待、合同评审、日常检测任务安排、检测任务实施方案（计划）和总结的起草、采样、分包及相关工作，样品管理、检验报告编制、审核、发放及管理。
质量与技术管理：质量管理相关计划编制、实施与总结，受控文件管理及维护，质量与人员技术档案管理，仪器、设施的建档，检验检测相关工作统计与上报；协助组织开展上岗考核，组织仪器检校（期间核查、状态检查）及标志标识管理、质量相关记录管理等。试剂、标准物质管理、库房管理与废液处理等。
农药残留研究室、兽药残留研究室、农业环境研究室、微生物与食品安全研究室
负责本室所有检验检测业务、质量管理相关工作、科研工作及领导安排的其他工作，主要职责：
承担并按时完成检测任务，保证检测结果的准确性和记录的规范性；
提出所需仪器设备的购置计划，协助新购仪器设备的验收、建档及标识管理，完成仪器设备操作、运行检查、维护规程以及检测方法实施细则的制定，完成仪器设备的使用、维护、维修、保养和期间核查、状态检查及相关记录；提出所需试剂、耗材的购置申请、计划，实施试剂的验证工作，并做好相关记录；
承担新开展项目的方法验证、技术记录的设计与修改、相关作业指导书的编制。
营养品质分析研究室
以农业高质量发展和农产品生产消费转型升级需求为导向，以提升兵团特色农产品营养品质为目标，本团队结合营养导向型农业发展新需求及本地区特色优质农产品产业发展优势，依托团队积累的农产品营养成分检测及品质评价工作基础，开展特色农产品特征营养成分挖掘及品质评价、农产品品质提升技术标准化体系、功能性营养因子作用机制研究及其高效利用关键技术研究。强化农产品功能营养，降低患病风险，提高人类生活质量，赋予农产品高附加值，助力农产品品牌建设。
