新疆农垦科学院分析测试中心成立于1991年，是部级食品检验机构，是兵团唯一食品、农产品综合质检机构，为多个政府部门提供检验检测技术支撑。

发展三十年来拥有部级职能机构资质：农业农村部食品质量监督检验测试中心（石河子）、绿色食品定点监测机构、农业农村部地理标志产品检测中心、新疆兵团国家粮食质量监测中心、农业部农产品贮藏保鲜质量安全风险评估实验室（石河子）、全国名优特新农产品营养品质评价鉴定机构、全国农产品质量安全检验检测技术培训基地、全国农产品质量安全科普基地、中国农业科学

院培训基地等十余个。为更加优质服务兵团食品、农产品的发展陆续增加新疆兵团食品质量检验测试中心、新疆兵团粮油产品质量监督检验中心、新疆兵团农产品质量监督检验测试中心、新疆兵团食品检验所和新疆兵团农产品质量安全研究所等21个检验检测职能机构，获得食品、农产品、土壤、肥料、饲料、水质、大气等7大类检验检测资质。

目前承担主要任务有农业农村部、自治区农业农村厅、兵团农业农村局、兵团市场监督管理局、兵团卫健委、国家粮食和物资储备局、中国绿色食品发展中心等上级部门的检测任务以及其基层部门的委托检验。涉及粮食及制品、油料与食用油、肉与肉制品、蛋与蛋制品、乳与乳制品、水产品、方便食品、罐头、糕点、食糖与糖果、蜜饯类、食用菌类、蔬菜、水果及其制品、淀粉制品与豆制品、调味品、酒类、茶类、饮料类、经济作物类、饲料、肥料、水质、产地环境26类528个产品中955项参数范围内的检测能力。

常年为兵团、自治区市县级实验室提供技术支持和人员培训、咨询服务。近年来为兵团农业系统、粮食系统、新疆各县市质检站进行检验人员的培训和技术指导千余人次。