新疆农垦科学院作物研究所是新疆农垦科学院最早成立的研究机构，前身是新疆军区生产建设兵团农林牧科学研究所。自建所以来经历了四个发展时期：1959年10月至1979年3月，为兵团农科所时期（包括自治区农垦总局农科所时期）；1979年3月至1993年3月，为新疆农垦科学院农业所时期（包括新疆农垦科学研究院农林所时期）；1993年3月至今，为新疆农垦科学院作物研究所时期。
建所五十年来，作物研究所先后承担国家及省部级科研项目150多项，取得科研成果100多项，发表科研论文250多篇，编写专著和教材5部，先后有40多项科研成果获奖，其中国家科技进步三等奖1项，全国科技大会一等奖1项，农业部农牧渔业丰收一等奖1项、二等奖2项；自治区科技进步一等奖1项、二等奖1项、三等奖5项、四等奖3项；兵团科技进步一等奖5项、二等奖11项、三等奖8项，新疆农垦科学院科技进步特等奖1项、一等奖3项、二等奖4项、三等奖1项，为维护新疆、兵团粮食安全，提高油料生产水平，促进团场增效、职工增收做出了突出贡献！
作物研究所现设有小麦（冬麦、春麦、杂交小麦）、玉米/饲料（普通玉米、青贮玉米、特用玉米）、大豆/籽瓜、向日葵（油葵、食葵、花生）、特种经济作物（加工番茄、辣椒）、耕作栽培等6个研究室和农业科研试验站。现有职工32人，其中，国务院特贴专家2名、农业部有突出贡献中青年专家1名，兵团学术带头人3名。建有农业农村部“国家玉米改良中心石河子分中心”、“谷物品质与遗传改良兵团重点实验室”、“中央补助地方科技基础条件专项”、兵团“绿洲生态区粮油特作物种质创新实验室平台建设”等科研平台，具备作物育种和栽培研究以及作物试验、检测和种子加工、贮藏条件，是国家级小麦、玉米、大豆、向日葵原种基地，是国家、自治区粮油作物新品种区试和生产示范的试验基地，是兵团粮油特种经济作物育种基地，是国家现代农业产业体系向日葵育种岗位专家和大豆综合试验站技术依托单位。