新疆农垦科学院畜牧兽医研究所成立于1979年，其前身是新疆军区生产建设兵团农林牧科学技术研究所（简称兵团农科所）的畜牧兽医研究室。主要围绕畜禽遗传育种与繁殖、疫病防控、营养代谢、饲草料开发应用、粪污利用和产品质量控制等领域开展研究。培育出了中国美利奴（军垦型）和阿勒泰肉用细毛羊2个新品种、多胎萨福克羊新品系以及中国美利奴毛用、肉用和肉毛兼用等10个新品系，超细型品系羊毛细度在12.5um以下，研究成果填补了我国超细毛羊育种的空白。创制多个转基因克隆绵羊新种质资源和基因编辑绵羊新类群，在动物疫病综合防治、营养调控、环境控制等研究领域获得多项成果。拥有以绵羊育种学家中国工程院院士刘守仁为首席科学家、以博硕士为主体的研究队伍。现有工作人员46人，其中国务院特殊津贴专家4人，国家现代农业产业技术体系岗位科学家1人，新疆维吾尔自治区突出贡献专家3人，兵团英才8人，第21批博士服务团组团式服务博士3人。目前已建成有省部共建绵羊遗传改良与健康养殖国家重点实验室等7个国家和省部级研究平台，在聚集人才、交流创新、科普宣传等发挥积极作用。

近五年来，承担包括国家转基因重大专项在内的省部级科研项目150余项；发表学术论文220篇，其中在《NatureCommunications》、《FrontiersinNutrition》、《FrontiersinGenetic》等国际知名学术杂志上发表高水平论文37篇；授权发明专利17项、实用新型专利20项、软件著作权12项；推广对区域经济发展有重要作用的科研成果4项；出版专著5本，手册2本，制定团体标准22个；研究成果获各类奖13项，其中获兵团科技进步奖特等奖1项、兵团科学技术进步奖二等奖2项。