省部共建绵羊遗传改良与健康养殖国家重点实验室2016年2月正式获得国家科技部及新疆生产建设兵团批准建设。实验室前身是1999年成立的新疆农垦科学院重点实验室绵羊胚胎研究室和基因工程研究室，在此基础上整合畜牧兽医研究所、测试中心等相关实验室人员结合石河子大学动物科学院、生物工程技术学院的有关力量，2005年1月被科技部批准为省部共建国家重点实验室培育基地。省部共建绵羊遗传改良与健康养殖国家重点实验室依托新疆农垦科学院，新疆农垦科学院周平研究员任重点实验室主任，中国科学院周琪院士任学术委员会主任委员。

实验室立足新疆，面向全国，辐射中亚，瞄准国际绵羊遗传育种学及生物技术发展前沿，围绕我国绵羊产业的重大科技需求和新疆的区域优势及特色，围绕绵羊繁育与养殖和畜牧业可持续发展，开展绵羊遗传改良与健康养殖相关领域的基础及应用基础研究，着力解决制约我国养羊业发展所面临的突出问题，聚集具有国际视野和创新能力的领军人才，形成我国绵羊产业的创新研究基地、产业引领阵地、人才高地和国际合作与交流基地，为推动绵羊产业健康发展、促进新丝绸之路经济带建设和区域经济社会的协调发展，提供强有力的科技支撑和人才保障。

实验室现有固定研究人员80名，其中有中国工程院院士1名，5人享受国务院特殊津贴，3人入选兵团突出贡献专家，第一批次兵团英才7人。现有博士35人，硕士42名；高级职称58人，占比72.5%；40岁以下中青年科研人员占总人数的30.86%。聘请流动研究人员39名。实验室研究队伍涵盖动物学、畜牧兽医学、遗传育种学、分子生物学、营养学、微生物学等多个学科门类。2020年，在中央组织部和共青团中央的支持下，第21批博士服务团组团式服务博士4名进入实验室开始为期两年的工作。

实验室现有面积60500平方米，其中科研用房面积7500平方米，研究繁育基地53000平方米。水、电、通讯等配套设施齐全，极大地方便了科研工作。拥有激光共聚焦显微镜、细胞工作站、激光破膜仪、倒置显微镜、流式细胞仪、蛋白纯化系统、荧光实时定量PCR仪等多种大型仪器设备，仪器设备总值5800万元，20万元以上设备35台套。按照仪器功能分类搭建研究平台6个，分别是绵羊种质资源创新与保存技术平台、胚胎高效生产技术平台、基因标记与分子育种技术平台、营养检测监测技术平台、疫病检测监测技术平台和动物病理实验基地平台。建设有400平方米生物种质资源库，为实验室储存冻精、卵母细胞、胚胎及其他生物材料提供了保障；60平方米洁净级鼠房，为功能基因挖掘提供了实验动物场地；有种羊研究繁育基地3个，6个研究示范基地分布于新疆天山南北，为各类研究提供了保障。