新疆新疆农垦科学院畜牧兽医研究所（简称牧医所）成立于1979年4月25日。其前身为兵团农林牧科学研究所（简称兵团农科所）畜牧研究室。兵团农科所是1959年10月6日成立，地点在石河子兵团农学院内，科研楼办公。兵团农科所下设13个研究室，其中畜牧兽医研究室。1961年7月指定闫厚忠为畜牧室负责人，刘平东为室秘书。1963年内地大学毕业生大批支边，畜牧室增加了兽医、水产专业人员。畜牧室将畜牧、兽医、水产分为三个组。是年9月兵团农科所指定高振诺（唯一党员）担任畜牧室政治组长。1964年畜牧室共有20人，分为养羊（2人）、养牛（3人）、养猪（2人）、养鸡（2人）、兽医（3人）、水产（5人）六个课题研究小组，1名辅助工，2人参加四清。各研究室参加自治区畜牧厅、自治区畜牧研究所和石河子农学院相应课题研究工作。1965年兵团党委决定成立兵团农业第三师，从各单位调各专业人员，畜牧室赵宗科（男）、张思聪（女）两人调出支援农三师建设。正当各项研究步入正轨之时，无产阶级文化大革命开始了，将科技人员从各自蹲点试验地方召回研究所参加运动，科研工作为之停止。1969年4月，兵团司令员丁盛、政委裴周玉到研究所宣布：兵团农林牧研究所撤销，遣散所有人员。

1973年3月18日，兵团党委决定恢复兵团农林牧研究所为团级建制，所部暂在原科研楼办公，研究所下设8个研究室，其中有畜牧、兽医两个研究室。为方便对外科学技术交流，农科所对外分别称：兵团农业科学研究所，兵团农业机械化研究所，兵团畜牧兽医研究所。当时进入畜牧兽医所的只有周连瑞、王立铭、党佩珍、卢敏德、宋宁生等几个人。人员虽少，仍然设了牛羊冷冻精液、养猪、养鱼和兽医4个研究课题组。牛羊冻精研究是与农八师兽医站和145团种畜队合作开展工作，养猪、养鱼和兽医方面的研究也是借助团场技术人员的力量共同执行研究工作。到1977年，李杰调入，分配两名大学毕业生（冯克明、尤努斯·乌斯满江），调入了两名科辅人员，但还是专业人员缺乏，1978年农垦总局借调陈周田、李全民、夏洛俊、凌象贤、杨正海5人参加绵羊冻精试验攻关工作。从兵团农科所恢复到1978年，畜牧室在编人员共12人，负责人是周连瑞、王立铭。

1979年4月25日，新疆维吾尔自治区农垦总局决定农林牧科学研究所，改为新疆农垦科学院，级别地址不变。原农科所改为农垦科学研究院之后，原畜牧室正式成为畜牧兽医研究所。杨玉福、王富连、曾培坚、王立琴、朱子才先后调进所。9月11日农垦总局任命周连瑞为畜牧兽医所副所长，王立铭任党支部书记。1980年所里调入杨康衢、李全民、陈周田、朱桂芝、陈庆奇、姚桂奇、夏洛俊、李庆余八名畜牧兽医专业技术人员，1981年又调入郑经鸿、王丽真，周子全3名专业技术人员，1982年国家恢复高考后的第一届大学生毕业，分配进所9人（徐雪萍、张兴亚、王新华、石国庆、李兵、刘国泰、明可元、牛秀琴、刘苏），调入1人王颖。到年底牧医所专业技术人员共25人，执行的课题有动物繁殖技术、提高养羊生产水平、提高养猪生产和经济效益、畜禽传染病和寄生虫病、养鱼等方面的研究课题有15项以上。

1983年4月农垦科学院升格为师级建制，牧医所也随之升为团级。这一年牧医所大部分人员随院从农学院内迁出，搬迁到新院部办公楼（石河子西郊乌伊公路北侧试验场）上班。畜牧、兽医、水产三个实验室仍在农学院内的科研楼上。罗玉华调入所，此时所里有专业技术人员26人。

1984年郭文钦、徐文枢调进牧医所，邵任福分配进所，7月16日院党委决定任命王立铭为牧医所所长兼党支部书记，10月24日任命陈周田为牧医所副所长，11月杨玉福任牧医所所长助理。那时牧医所大都没设立研究室（除寄生虫病、水产处）都是课题组，即：动物繁殖、养羊、养猪、饲养、牦牛、仔猪黄痢。当时专业技术人员为33人。1985年10月25日农科院共青团委成立，石国庆任团委副书记。

1991年2月，牧医所所长王立铭调离新疆，12月21日任命陈周田为牧医所所长，王新华为副所长。是年李正春、杨永林调进所，参加“绵羊南繁工程”工作。1992年2月28日牧医所成立行政办公室，调刘本新任办公室主任，还成立了畜产开发公司（股份制），并设立了所财务室，王爱兰任会计。陆彬为出纳（后来是刘薇）。3月16日牧医所党支部党支部增补王新华为支部委员。这时牧医所有动物繁殖研究室、养羊研究室、动物营养研究室、养猪研究室、寄生虫病研究室、传染病研究室、养禽研究室挂牌对外。

1993年1月4日，院党委决定任命陈周田为牧医所所长兼党支部书记，3月18日聘王新华、王富连任牧医所副所长。

1994年1月26日院党委决定：正副处级领导干部年龄在55岁以上，退居二线。所长陈周田、副所长王富连不再担任行政职务，待遇不变。是年院任命王新华为牧医所所长兼党支部书记，聘李兵为副所长，4月28日聘石国庆为副所长。面临科技改革的形式，要求把科技成果转化为经济效益，来弥补经费不足，科技人员带上成果搞创收。牧医所决定：创办六旺饲料厂，该项任务交给动物营养研究室承担，杨玉福负责；1995年筹建，1996年1月正式投产，有固定资产60万。申请了“六旺品牌商标”，农业部颁发了生产许可证，得到了自治区批准的饲料生产文号，制定了畜禽预混料、牛羊舔食砖企业标准。自治区饲料兽药监察所对各类产品抽检，年年达标。自投产以来（到2003年）仅预混料和舔食砖两项累计生产销售1830吨，产值358.8万元，利润28万元。

1997年3月3日成立牧医所学术委员会，主任陈周田，副主任王新华、王富连，成员：石国庆、李兵、曾培坚、杨玉福、徐雪萍，秘书魏学良。4月22日所任命丛立章为种畜种禽场总经理，员旭明为副总经理，魏学良为动物医院院长，沈敏为细胞工程研究室负责人。

1999年6月2日所成立专业技术聘约小组，组长：王新华，副组长：石国庆、李兵，成员：王新华、石国庆、李兵、徐雪萍、魏学良。12月30日任命丛立章为畜产开发公司总经理，员旭明为副总经理。

2000年牧医所共36人，其中科技人员30人，正高4人，副高5人，中级8人，初级13人，科辅人员6人。三方蜂业有限公司6月8日成立，董事长：王新华，监事：石国庆，经理：韩方志。7月所聘刘辉为所长助理。根据承担的研究项目和发展，所调，9月所调整了研究室，成立以下研究室，基因工程研究室，主任：王新华（兼）副主任：薄新文；胚胎工程研究室，主任：石国庆（兼）；寄生动物研究室，主任：徐雪萍；动物营养和牧草研究室，主任：刘辉；动物育种研究室，主任：李永刚。成立了第二届学术委员会，主任：王新华，副主任：石国庆、徐雪萍，秘书：刘辉，顾问：杨玉福。12月20日任命员旭明为畜产开发公司经理，法人代表。

2001年2月牧医所所长王新华提升为农垦科学院副院长、院党委委员。3月任命石国庆为所党支部书记（正处级），聘尹君亮为副所长，是年所共35人，其中科技人员31人：正高4人，副高5人，中级9人，初级13人，科辅人员4人。

2002年4月1日所党支部决定：聘杨彪为所办公室主任。是月所党支部决定调整所第三届学术委员会，主任：石国庆，副主任：尹君亮，成员：石国庆、尹君亮、徐雪萍、杨彪、杨永林、李永刚、沈敏，秘书：杨彪。4月30日所学术委员会决定调整各研究室：基因工程研究室主任：沈敏，胚胎工程研究室主任：杨永林，动物疫病研究室主任：徐雪萍，动物营养研究室主任：李永刚，草畜研究室主任：尹君亮（兼）。5月31日所学术委员会决定聘任正高3人，副高6人，中级11人，初级10人，科辅人员5人，共35人，聘期自2002年1月1日到2002年12月31日。

2004年1月经所学术委员会决定聘任正高3人，副高6人，高级畜牧所2人，副高级兽医师1人，中级8人，畜牧所1人，初级15人，助理会计师1人，助理经济师1人，会计员1人，科辅人员2人，共41人，聘期自2004年1月1日到2004年12月31日。

2005年1月经所学术委员会决定聘任正高2人，副高7人，中级9人，初级12人，助理会计师1人，助理经济师1人，会计员1人，科辅人员2人，共37人，聘期自2005年1月1日到2005年12月31日。年3月3月尹君亮同志调到院科研处工作，张兴亚调入，所支部改选。支委成员：石国庆、张兴亚、薄新文杨彪、员旭明、代蓉。4月员旭明同志从三方蜂业公司回所工作。9月经所支部研究决定聘任薄新文同志为畜牧兽医研究所所长助理。召开支委会研究工作时薄新文同志可列席参加。

2006年全所共有38人。共聘研究员2人，副研究员7人，高级畜牧师1人，高级兽医师1人，助理研究员12人，研究实习员8人，助理会计师2人，助理经济师1人，科辅人员4人。聘任自2006年1月——12月。

2007年全所共有39人

2008年2月撤销所财务，王爱兰、刘薇两位同志调离畜牧所。4月党支部研究决定聘任周平、钟发刚两位同志担任所长助理。10月杨彪同志因车祸去世，支部研究决定增补钟发刚同志为支部委员。11月聘任员旭明同志担任畜牧兽医研究所办公室主任。全所共有39人。

2009年2月畜牧兽医研究所成立所事业单位人事制度改革聘用领导小组：组长：张兴亚，副组长：石国庆薄新文， 成员：钟发刚杨永林 徐雪萍 员旭明陈宁。为加强研究实力所里对研究室作了变动，成立了10个研究室，一个中心分别为：倪建宏负责的胚胎移植研究室3人；薄新文负责微生物研究室2人；周平负责的体细胞研究室3人；皮文辉负责的养猪研究室2人；徐雪萍负责的寄生虫病研究室3人；杨永林负责的绵羊育种研究室2人；沈敏负责的转基因研究室4人；钟发刚负责的传染病研究室3人；韩方志负责的蜂业研究室3人；张兴亚、刘福元负责的养牛技术服务中心4人（兼）。此外成立了科研秘书办公室，秘书为万鹏程、代蓉，李国庆参加院科技扶贫服务工作。卢守亮、白丁平、张云生在攻读博士学位，企业有蒋 勇、韩方志、姜新生、杨雪梅、汤小禄等人，全所共有共43人，其中院编人员40人、所编人员3人。

2010年7月韩猛立、高磊、王正荣、赵文娟、郭延华分配到所工作。王立民从内地调入畜牧兽医研究所工作。全所共有43人。其中：院编40人，所编3人。

2011年6月新一届领导班子成立，张兴亚任支部书记，薄新文任所长，周平、钟发刚任副所长。成立三方蜂业有限责任公司，并增资扩股。全所共有43人。其中：院编40人，所编3人。