省部共建绵羊遗传改良与健康养殖国家重点实验室于2016年2月正式获得国家科技部及新疆生产建设兵团批准建设，依托新疆农垦科学院，由新疆农垦科学院和石河子大学联合建立，主管单位是新疆兵团科技局。实验室立足新疆，面向全国，辐射中亚，瞄准国际绵羊遗传育种学及生物技术发展前沿，围绕我国绵羊产业的重大科技需求和新疆的区域优势及特色，开展绵羊遗传改良与健康养殖相关领域的基础及应用基础研究，着力解决制约我国养羊业发展所面临的突出问题，聚集具有国际视野和创新能力的领军人才，形成我国绵羊产业的创新研究基地、产业引领阵地、人才高地和国际合作与交流基地。实验室现有固定研究人员75名，其中有中国工程院院士1名。与石河子大学合作建立博士点 1个，建立硕士点3个，拥有博士后工作站1个。实验室主持承担了包括国家转基因生物新品种培育重大专项、国家重点研发计划、科技部973计划项目、863计划项目等国家及省部级项目合计200余项。实验室现有面积60500平方米，其中科研用房面积7500平方米，种羊研究繁育基地53000平方米。拥有激光共聚焦显微镜、细胞工作站、激光破膜仪、倒置显微镜、流式细胞仪、蛋白纯化系统、荧光实时定量PCR仪等多种大型仪器设备总值6000余万元，20万元以上设备35台套。建设有400平方米生物种质资源库， 60平方米洁净级鼠房，种羊研究繁育基地1个，为各类研究提供了保障。6个研究示范基地分布于新疆天山南北。
