在院党委的正确领导下，全院各单位（部门）的共同努力下，南山院区一期三个建设项目可行性研究报告已获得兵团项目主管部门批准，三个项目总投资2.52亿元，建设年限为2024年至2025年。
2024年4月19日，新疆农垦科学院创新综合实验楼建设项目可行性研究报告（代项目建议书）获得兵团发改委批复。项目投资估算8000万元，建筑面积10000㎡，建设地点为南山院区内，资金来源为兵团本级财政资金，新建创新综合实验楼1栋，地上五层、地下一层，主要用于满足省部共建绵羊遗传改良与健康养殖国家重点实验室、农业农村部西北绿洲节水农业重点实验室等实验需求。
2024年4月29日，国家农作物种质资源库—新疆兵团分库建设项目可行性研究报告（代项目建议书）获得兵团农业农村局批复。项目投资估算3000万元，建筑面积2993㎡，建设地点为南山院区内，资金来源为兵团地方政府新增一般债券资金，新建种质资源库（含实验室）1栋，主要用于兵团种质资源的保存和利用，提高种子供给能力。
2024年5月9日，国家棉花技术创新中心科技创新总部基地建设项目（代项目建议书）获得兵团发改委批复。项目投资估算14200万元，建筑面积30000㎡，建设地点为南山院区内，资金来源为兵团地方政府新增一般债券等资金，新建国家棉花技术创新中心，包括主楼1栋和附楼1栋，主要用于满足国家棉花技术创新中心的生物育种、棉花种质资源鉴评及创新研究、新品种培育研究、棉花生产数字化技术及利用研究、棉花生产机械化关键技术与装备研发等五大方向科研实验需求。
